Стадия вторичных заболеваний проявляется различными инфекциями бактериального, вирусного или грибкового происхождения.
Вначале эти заболевания успешно купируются терапевтическими методами. Впоследствии возникают повторные заболевания дыхательных путей, дерматоксикозы, рецидивирующий герпес и др. Со временем патологические изменения становятся более глубокими. Болезни не поддаются обычному лечению и приобретают затяжной характер. Больные теряют в весе, чувствуют слабость. Появляется диарея, ночной пот, лихорадка. На фоне иммуносупрессии развиваются прогрессирующие заболевания, которые классифицируются как СПИД-индикаторные.
Данные заболевания делятся на три категории. Клиническая категория А: острая ВИЧ-инфекция, бессимптомное носительство, ПГЛ. Клиническая категория В: ангиоматоз, кандидоз, герпес, листериоз, воспалительные заболевания органов малого таза, лихорадка, периферическая нейропатия. Клиническая категория С: цитомегаловирусные поражения органов, саркома Капоши, первичная лимфома мозга, цервикальная карцинома, туберкулез, атипичный микробактериоз, повторная пневмония, токсоплазмоз ЦНС, энцефалопатия, синдром истощения.